تشخیص ویروس، توسط پزشک متخصص و با معاینه ناحیه تناسلی و لگن در آقایان و خانم ها صورت می گیرد.

متأسفانه درمان قطعی زگیل تناسلی وجود ندارد و پس از درمان های رایج، ویروس در بدن فعال می ماند. زگیل تناسلی معمولاً بی‌خطر است و حتی اگر درمان نشود آسیبی به سلامتی نمی‌زند، اما تحمل آن ناراحت کننده است و ظاهر زشتی دارد. با درمان کردن زگیل احتمال سرایت آن به دیگران کاهش می‌یابد.

درمان زگیل تناسلی به شکل زگیل، تعداد، محل زگیل و واکنش سیستم ایمنی در مقابله با ویروس بستگی دارد.

اکثر انواع زگیل را می توان با کرم ها درمان کرد، بدین صورت که بیمار به صورت موضعی با گوش پاک کن دارو را بر محل زگیل می مالد. با این حال، اگر زگیل تناسلی از بین نرفت، نیاز به سایر گزینه های درمان مانند جراحی، کرایوتراپی ( منجمد کردن زگیل با نیتروژن مایع) الکتروکوتری ( سوزاندن زگیل با استفاده از جریان برق ) یا لیزر درمانی می باشد.